Военные ошибки тайпинов (запоздалая и плохая организация Северной экспедиции, а также слабость власти на захваченной территории на р. Янцзы и невнимание к укреплению в шанхайском районе) ослабили их положение. Но отрицательные последствия этих ошибок значительно перекрывались поддержкой огромных масс народа, прежде всего крестьянства. Гораздо более тяжелые последствия имела внутренняя борьба в лагере тайпинов, приведшая в 1856 г. к открытому расколу. Эта борьба была выражением неспособности тайпинских вождей поступиться групповыми и индивидуальными интересами для достижения общих целей и торжества интересов угнетенного китайского крестьянства. При этом имели значение и личные качества отдельных руководителей, недостатки которых наиболее рельефно проявлялись в условиях монархического строя Тайпинского государства. Однако определяющей была социальная причина — неспособность крестьянства к длительному сохранению единства и дисциплины, преодолению групповщины, выработке реалистической созидательной программы.

Острый конфликт разгорелся между Ян Сю-цином и Вэй Чан-хуем, который воспользовался недовольством тайпинских вождей тем, что в руках Ян Сю-цина фактически сосредоточилось руководство правительством и армией тайпинов. С согласия Хун Сю-цюаня Вэй Чан-хуй организовал заговор, в результате которого 2 сентября 1856 г. были убиты Ян Сю-цин, его родные и несколько тысяч его сторонников. Вэй Чан-хуй захватил на некоторое время власть в Нанкине, но против него выступил тайпинский руководитель Ши Да-кай и убил его. Однако Ши Да-кай, поставленный Хун Сю-цюанем во главе тайпинского правительства и армии, был им же вскоре отстранен от руководства и в июне 1857 г. ушел из Нанкина со своими войсками (свыше 100 тыс.) сначала в Аньхуй, затем в Цзянси, а оттуда — на юго-запад Китая. К власти пришли родственники Хун Сю-цюаня. Убийство Ян Сю-цина и множества его сторонников — закаленных бойцов, составлявших костяк администрации и военного командования, уход Ши Да-кая, приход к руководству людей, не участвовавших в революционной борьбе, — все это сильнейшим образом ослабило Тайпинское государство. Начался период упадка крестьянской войны, для которого характерно было все большее расхождение между тайпинскими руководителями и массами участников восстания. Крестьяне-повстанцы стремились к осуществлению идеалов всеобщего равенства, а многие руководители отказались от этих идеалов, превращаясь в новых феодалов.

Один из новых руководителей Тайпинского государства, Хун Жэнь-гань, в 1859 г. представил Хун Сю-цюаню «Новое сочинение в помощь правлению», в котором предлагалось содействовать строительству железных и шоссейных дорог, пароходов, выпуску периодической печати, организовать почтовые отделения по всей стране и наладить информацию о текущих событиях и хозяйственных делах, поощрять создание банков, поддерживать технические нововведения, помогать частным предпринимателям разрабатывать полезные ископаемые, наладить страхование жизни и имущества, основывать больницы, дома призрения и сиротские приюты. В предложениях Хун Жэнь-ганя, охватывавших широкий круг вопросов, не было выражено (в отличие от «Земельной системы Небесной династии») стремление разрешить вопрос о земле в пользу крестьян. Это была программа ограниченных буржуазных преобразований, большей частью изложенная в виде общих рассуждений о пользе нововведений, применяемых в западных странах, оторванная от реальных условий Китая середины XIX в.

Раскол в лагере тайпинов и смена руководства движением отразились и на ходе военных действий. С этого времени тайпины в основном оборонялись. Главными силами тайпинской армии руководили замечательные военачальники Ли Сю-чэн и Чэнь Юй-чэн. Ли Сю-чэн прошел в тайпинской армии путь от простого солдата до полководца, получившего титул Чжун-вана, т. е. «Верного князя». После убийства Ян Сю-цина и ухода из Нанкина Ши Да-кая он стал наиболее выдающимся военным руководителем тайпинов. Сражаясь к югу и к северу от Янцзы, войска Ли Сю-чэна и Чэнь Юй-чэна наносили удары по вражеским армиям, стремившимся сжать кольцо окружения вокруг тайпинской столицы — Нанкина.
В 1856—1860 гг. в Китае создалась сложная обстановка. В то время как в долине Янцзы шла борьба между тайпинами и маньчжуро-китайскими феодалами, в районе Гуанчжоу и в Северном Китае происходила война Англии и Франции против Китая — так называемая вторая «опиумная» война.